ولد نعيم خضر في 30 كانون أول عام 1939 في قرية الزبابدة قضاء جنين في فلسطين، كان السادس بين عائلته من سبعة أولاد، كان عمره تسع سنوات عندما توفي والده. درس في مدرسة اللاتين في القرية حيث شجعه كاهن الرعية على متابعة دروسه فالتحق بالمعهد الاكليركي في بيت جالا حيث درس الفرنسية والإيطالية بالإضافة إلى الإنجليزية وتابع دروسه الفلسفية واللاهوتية لمدة خمس سنوات بين 1958-1963 حيث كان طالباً لامعاً وفي السنة السادسة والأخيرة ترك نعيم الدير لأنه لم يشعر بالدعوة إلى الكهنوت ولان رسالة أخرى كانت تنتظره.
إن المهام التي أوكلتها منظمة التحرير الفلسطينية للدكتور نعيم خضر حملته للمشاركة في الكثير من جلسات مجلس الأمن الدولي والعديد من المحاضرات الدولية التي كانت تنظمها هيئة الأمم المتحدة. وكان من عادته أن يعود مع وفد فلسطين، وقد حقق نجاحات مهمة للمنظمة كالاعتراف الرسمي بمنظمة التحرير كعضو مستقل ضمن المجموعة الأسيوية وفي مجموعة ال 77 (مجموعة دول عدم الانحياز).
وفي نفس الوقت لعب د. نعيم خضر دوراً بارزاً في تقدم الحوار الأوروبي العربي من خلال عمله ونشاطه في بروكسل. حيث نجح في إقامة علاقات مع اللجنة التي تقود مجموعة الدول الأوروبية وخاصة مع كلود شيسون وجاستون ثورن فكان يلتقي بهم وبالعديد من الشخصيات الأوروبية في لوكسمبورغ وستراسبورغ وفي البرلمان الأوروبي. وإذا كانت الدول الأوروبية التسعة التي اجتمعت في مؤتمر البندقية في حزيران 1980 قد اعترفت بالشعب الفلسطيني وبمنظمة التحرير الفلسطينية فالفضل الأساسي يعود إلى العمل المتواصل لنعيم خضر في المحادثات المتبادلة مما كان له الأثر الأهم في التحول في العلاقات بين أوروبا والعالم العربي.
هذا وقد كان الشهيد د. نعيم خضر عضواً بارزاً في لجنة الشؤون الخارجية التابعة للمجلس الوطني الفلسطيني الذي كان عضواً فيه، وكان عضوا" في اتحاد القانونيين الفلسطينيين وعضوا في اتحاد المحامين الديمقراطيين في بلجيكا وعضواً في اتحاد الكتاب والصحفيين الفلسطينيين.
لم يكن نعيم خضر صاحب نظريات بيد انه كان رجل فكر محام عن قضيته ، لم يكتف بالترافع في دعواها بل بحث أيضاً القضايا والأبعاد الإنسانية المرتبطة بها. فنال احترام وثقة الرأي العام الأوروبي واستطاع أن يؤثر فيه ، فكان رجلا شعبيا يعبر عن نفسه أمام الشعوب والقيادات الأوروبية، محاوراً ومدافعاً عن عدالة قضية فلسطين. كان فكره وخطابه بعيداً عن الجمود والانغلاق .
قال عنه الرئيس الراحل ياسر عرفات:
من الممكن قراءة قضية الشعب الفلسطيني في حياة نعيم ويمكن للباحثين أن يعكفوا على دراسة القضية الفلسطينية، وتحليل ثقافة وعادات شعبنا الفلسطيني من خلال دراسة حياته وبصماته التي لا تمحى.. فآثاره ملكٌ للشعب الذي ولدهُ وللامة التي أنجبته.
كان د. نعيم خضر مناضلاً في صفوف حركة التحرير الوطني الفلسطيني فتح. كرس حياته وقناعته وارادته وفكره وعمله لأجل قضية فلسطين. شقيقه الدكتور بشارة خضر المحاضر في جامعة لوفان . له العديد من الكتب والأبحاث المتخصصة بالشؤون الأوروبية والعلاقات العربية والفلسطينية الأوروبية.
اغتيل على يد المخابرات العربية/الاسرائيلية بواسطة أبو نضال في 1 حزيران 1981.
